1914年6月12日（中华民国三年农历五月十九日），出生于福建省福州。

　　父亲吴毅曾留学日本，回中国后在北平生活，结婚后便诞下吴清源。吴清源祖籍中国福建闽侯，历代先祖为官，后来家道中落。七岁起跟爸爸学棋。北京当时几个围棋高手也让他受益，如顾水如，刘棣怀，汪云峰。但根据吴清源自传，他并没有拜顾水如为师。13岁时让先与当时的名手过惕生对局，半目获胜。青少年时期，在中国棋坛中已手，当时的北洋政府总理段祺瑞曾经聘请他到府中与他下棋。

　　北平“日本人俱乐部”的日本棋手闻风后邀请他下棋，果然名不虚传。1927年（昭和二年），井上孝平五段去北京游访时，让二子与吴清源对弈，结果中盘大败，再改以让先三局，弈成一胜一和一打挂。井上回国后，对吴清源大加夸奖， 称他有胜过传闻之才能，并一口咬定吴清源有三段的棋力。

　　消息传得很快，日本报章也报道中国发现了天才神童。当时日本的围棋界的长老濑越宪作七段当即给吴清源去了一封信，正式邀请他来日。1928年，濑越派高足桥本宇太郎专程去北京，办理吴清源来日的具体事宜，同时正式考察一下吴清源的棋力。结果桥本四段让先两局皆败。

　　吴清源14岁时，与母亲及哥哥一起东渡，濑越马上为吴清源申请三段免状，日本棋院以假定三段格进行正式的“段位认定”对局。

　　吴清源第一位对手是当年大手合最优胜者筱原正美四段，手合为吴清源受先。二人激战三天，筱原最后中盘告负。接着，秀哉名人上场，吴清源受二子。结果黑棋以四目胜而终局。秀哉局后评道：“黑棋态势极庄重坚实，成功地将优势保持到终局，布武堂堂，未给白以可乘之隙。此二子局可作为快心之杰作。”最后村岛四段出场，吴清源黑棋五目胜，遂被正式定为三段。

　　《新布局法》（与木谷实合作）平凡社 1934年

　　《莫愁》天元社 1940年

　　《吴清源打棋全集》全4卷　平凡社 1973-74年

　　《名局细解》（全１２卷）诚文堂新光社 1981-83年

　　《吴清源自选百局（上）（下）》平凡社 1982年

　　《以文会友》白水社 1984年

　　《吴清源全集》（全15巻）’白水社 1987年

　　《呉清源棋话》三一书房 1993年

　　《寿石不老》诚文堂新光社 1995年

　　《21世纪棋（全10巻）》诚文堂新光社 1997-2001年

　　《中的精神》东京新闻出版局 2002年

　　1928年，受濑越宪作派遣，桥本宇太郎四段来到中国，安排与吴清源的考试棋与赴日留学事宜。期间桥本与吴让先两局考试棋皆败。同年10月23日，吴清源赴日留学，当时的日本名人秀哉亲自率领众棋士到火车站迎接。清源到了日本，当时日本棋院的总裁大仓喜七郎答应每月资助清源二百日元，两年为期。两年以后，清源能否在日本站住脚，也就是说，能不能得到日本棋院承认他具有作一个棋士的资格，就要看自己的棋力能否长足进步。

　　日本棋院组织一个审查会来给清源评定段位等级。审查会共七人：本因坊秀哉（九段）、岩佐銈（七段）、濑越宪作（七段）、铃木为次郎（七段）、加藤信（六段）、岩本薰（六段）、小野田千代太郎（六段）。审查会选出蓧原正美（四段）、村岛义胜（四段）、前田陈尔（四段）、桥本宇太郎（四段）、小野田千代太郎（六段）、木谷实（四段）和本因坊秀哉七人分别与清源对局。清源先胜蓧原正美、本因坊秀哉和村岛三人。审查会根据这个成绩，便评定清源为三段。评为三段之后，清源继续同其余四人对局。结果只输木谷实一局，其余全胜。清源认为，木谷实是他第一次遇到的劲敌。

　　1929年，吴清源在《时事新报》主办的擂台赛中首次与木谷实相遇，开创了“模仿棋”的先例。

　　1930年，吴清源晋升四段，并在这一年成为日本棋院的正式棋士，开始参加日本棋院的一年中春秋两度的大手合。

　　1931年，吴清源参加东京时事新闻社发起的棋赛。比赛采取单淘汰制。清源连战皆捷，十八名棋手都败在他手下。时事新闻社连续刊登他的对局约半年多。他连胜的声威引起日本棋界的注目。

　　1932年春季比赛中，他又获全胜，取得第一名；同年秋季比赛中，他仅负于小岛一局，仅次于木谷实，得第二名。

　　1939年升七段。至此于日本第一流棋手进行“十番棋”，“六番棋”和“三番棋”等对局。其中以“十番棋”战绩最为突出。计1939年对木谷十番棋；1941年对雁金准一十番棋；1946、1950年对桥本宇太郎二次十番棋；1943、1951、1952年对藤泽库之助三次十番棋；1953年对坂田荣男十番棋；1955年对高川格十番棋。在以上十番棋中，将除雁金准一以外的对手全部降至先相先或定先。被公认为棋界的第一人。

　　1950年2月，由日本棋院授予九段。

　　1957年后又获得日本第一，三期最强决定战第一名。1964年发生车祸，从此退出各项重大比赛。

　　1983年引退。

　　在布局,定式,序盘等方面见解甚多，被称为“近代布局的奠基人”，“昭和的棋圣”。著有《新布石法》，《吴清源自选白局》，传记文学《以文会友》等，对局棋谱收入《吴清源打棋全集》。门下弟子有林海峰。

　　吴清源14岁只身赴日，与他棋盘上的辉煌相比，他的生活却是颠沛流离、坎坷曲折。由于日本发动侵华战争，吴清源却在日本所向披靡，在一定程度上增强了国人的自信心。

　　吴清源追求宗教般的纯净，而由于吴清源加入红卐会，一方面拿走了吴清源的对局费，另一方面吴因为原因被日本棋界所不理解，他的房子在轰炸之中被夷为平地，在很长的一段时间里居无定所，辗转漂泊，竟然被视作没有国籍没有身份的人，然而对于通过棋道一心探求生活真谛的吴清源而言，这些不幸都宛如浮尘。诚如金庸所言：“因为吴先生的棋艺不纯在一些高超的精妙之着，而在于棋局背后所蕴藏的精神与境界……吴先生毕生所寻求的，其实是一个崇高的心灵。只因为他的世俗事业是弈棋，于是这崇高的心灵便反映在棋艺上。”

　　吴清源对21世纪围棋的构想中，还十分崇尚阴阳调和、和谐。这阴阳调和，正如桑原道节在古典名著发阳论所说：“类似棋的配置、结构那样的东西可以称为‘阴’，而棋形中所隐伏手段则可称为是‘阳’”对于棋手来说就是保留变化与否，这和谐便是势力与实地，分寸上的和谐，十分微妙。他认为围棋是一种艺术，又是一种生命的哲学。对弈的最终目的，是从中领略圆满调和的“道”，追求棋艺和人生的共同完美。吴清源认为，20世纪打了两次世界大战，21世纪要以和为贵。中国的《易经》讲究阴阳调和，围棋也不能脱离这个道路。上个世纪的围棋以争胜为主，21世纪的围棋的核心是调和、均衡、和谐。

　　棋如人生。吴清源的棋道要旨是“六合之棋”，正是这种淡泊名利、纯粹求道的围棋精神，使他远远超越了一个争胜负的棋士，而体现出一种极其充盈丰沛的人格。见过吴大师钻研围棋时无与伦比的深入精神和批判精神的人都能明白吴大师为何灵感不断，而这种精神使吴清源虽然远离赛场多年，但他的围棋思想却长期指导着现代围棋，并将更长久地影响世界棋坛的未来发展。

　　圣手对决名人

　　1933年，吴清源十九岁，升为五段。这年春季比赛中得第二名，秋季比赛中与木谷实并列第一。同年，读卖新闻社发起优秀选手选拔赛，清源在选拔赛中连胜劲敌木谷实和桥本宇太郎，取得与名人秀哉决最后胜负的权利。在这局棋中，清源当然执黑先行。他起手使用了“三三、星、天元”的布局。第一子下在右上角“三、三”的位置。这在秀哉的棋派来说，叫做“鬼门”，是禁忌的走法。第二步黑子下在左下角星位。第三步下在天元。这一创新的走法轰动了日本棋界。但是，本因坊秀哉本人知道清源的实力，没有轻敌。清源几次下子使秀哉难以应付，他只得多次宣告暂停，回家与他的弟子们共同研究如何应付。因此，这局棋延长到次年1月29日才结束，下了三个月。在这期间，清源同时要参加秋季比赛和新闻社主办的比赛等十一局棋。结果秀哉以两目取胜。据说，他之所以取胜，是因为他的弟子前田陈尔帮他出了一好招，即第160那一子。许多人认为，秀哉屡次提出暂停，回去和弟子们研究，把一局棋延长三个月，未免不公正。从此，日本棋院规定以后每局比赛必须当天结束，不得拖延。赛后，民意调查中显示，吴清源在日本的知名度仅次于天皇。

　　1933年，木谷实、吴清源开创新布局革命。秋季大手合（升段赛）中两人正式开始使用新布局，在比赛中成绩分居前两位。11月吴与木谷合著、安永一主笔的《新布局法》出版。

　　1934年，吴清源晋升六段，作为“日满华围棋友好访问团”去伪满洲国和当年即位“满洲国”皇帝的傅仪下棋。

　　1935年3月，濑越宪作、铃木为次郎对吴清源、木谷实的“报知相谈棋”对局开始。最终吴与木谷执黑1目胜。

　　1936年4月，在日本已侵占大片中国领土时，不顾在日华侨的一致反对，加入日本国籍。

　　1939年，吴清源晋升七段。

　　镰仓十番棋

　　1938年本因坊秀哉宣告引退，在引退前和木谷实下了一盘叫作引退战的棋。结果木谷实胜了。按理，木谷实应当是本因坊秀哉告退以后棋界第一人了。但是，人们认为还有吴清源在。究竟谁是第一人，还得清源和木谷实决一雌雄。于是，读卖新闻社发起木谷实与清源十盘决胜战。1939年10月，吴清源与木谷实的“镰仓十番棋”开始。到第六局时，吴以五胜一负把木谷实降为“先相先”手合。至1941年，吴最终以六胜四负战胜木谷实七段。

　　从此，前无古人，后无来者的吴清源十番棋时始。

　　1941年，与日本棋士们结成“棋道报国会”参加劳军。

　　1941年6月，吴清源与雁金准一的十番棋开始。至1942年，吴清源四胜一负领先，因顾及名誉问题，雁金退出比赛。

　　1942年，应汪伪南京政府顾问青木一男邀请，到上海慰问侵华日军。当时有爱国人士在饭店贴上“夷化汉吴清源”的标语。

　　1942年2月，吴清源与东京高等师范学校女生中原和子结婚，婚后移居在中原和子家里。

　　1942年3月，吴清源晋升八段。

　　十番棋大胜

　　1942年年底，吴清源与藤泽库之助十番棋开始。按规定对局为藤泽常先。至1944年，吴清源与藤泽库之助的十番棋结束。吴清源四胜六负，手合不变。

　　1946年，吴清源与桥本宇太郎的十番棋开始。至1947年，吴清源和桥本宇太郎的十番棋弈至第八局，吴以六胜二败的成绩将桥本降为先相先手合。1948年，吴清源与桥本宇太郎（八段）十番棋结束，吴六胜三负一和。

　　1948年1月，吴清源与坂田荣男（先相先）三番棋举行，吴三连胜。

　　1948年7月，吴清源与岩本熏本因坊的十番棋开始，至11月吴以五胜一负将岩本降为先相先手合。至1949年，

　　吴清源与岩本熏十番棋结束。吴清源七胜二败一和。

　　1949年2月，吴清源取得“中华民国”的国籍。

　　1950年2月，吴清源被日本棋院授予九段头衔。

　　1950年，吴清源与桥本宇太郎本因坊的第二次十番棋开始。1951年8月吴清源与桥本宇太郎本因坊十番棋结束，成绩五胜三负二和。

　　1951年，吴清源与藤泽库之助的第一次十番棋开始。至1952年，吴清源在十番棋中以七胜二负一和的成绩击败藤泽库之助九段。

　　1952年，去台湾见蒋介石。

　　1953年，吴清源与藤泽库之助的第二次十番棋开始。进行到第六局，吴五胜一败将藤泽降为定先手合。

　　1954年，吴清源与坂田荣男的十番棋开始。吴六胜二败将坂田降为定先手合。

　　1955年，吴清源与高川格的十番棋开始。至1956年，吴清源在十番棋前八局中六胜二负，将高川格（七段）降为先相先手合。最终吴六胜四负。

　　1958年，吴清源在第一期日本最强者决定战（名人战前身，读卖新闻主办）中，以八胜二负的成绩夺冠。

　　1960年，吴清源在第三期日本最强者决定战中，和坂田荣男并列冠军。

　　1961年，吴清源遭遇车祸住院。从此棋力大受影响。

　　1965年，去台湾见蒋介石。

　　1979年，吴清源再次加入日本籍。

　　1984年，吴清源在日本大仓酒店举办引退仪式，正式宣告隐退。

　　1985年，吴清源实现了战后第一次访问中国大陆。

　　1986年，吴清源获香港中文大学荣誉博士。

　　吴清源从青年时代起，就一贯信奉速度重视主义，棋讲究布局的速度，在角上能用一手棋，就仅用一手。

　　局部的处理方法也很明快，对局部不过分追究，并且手法轻妙，所以很少有以厚势为背景强力推进的棋。

　　吴清源的棋风是在追求棋盘上的自由，对定式的态度是“没有”，他下出新手新定式的原因就是由于对老定式“毫无兴趣”。

　　“随机应变的好棋，那没有丝毫破绽的灵活转身，使我一下就入了迷。其魅力究竟是什么东西呢？妙在何处呢？我认为先生的下法，好像总是在侦察什么东西似的。”，“由于吴先生的全盛时期，是站在必须打败不贴目的黑棋的立场上，所以也只有采取这种不留余地的疾风骤雨般的快速战法。虽然吴先生从青年时代、新布局的时代起，就是快速的棋风，而在全盛时期则更进一步，达到了玄妙的境界，再加上那出类拨萃的才能，因此，当时和吴先生对局的人，一定会有无法抵抗的感觉。”——赵治勋

　　1935年吴清源开始笃信新兴宗教“世界红字会”并一度丢下围棋，吴清源晚年曾说自加入红会就一直信奉其教义。及后虽重回棋坛，但成绩并不佳。1939年开始了不败的十番对局，同年升到七段，1940年战事爆发，吴清源的家人回国，他则在1942年透过宗教人士介绍，跟20岁的中原和子结婚，同年升为八段。

　　日本战败，吴清源有过一段流浪生活，并再度热衷于新兴宗教“玺宇”等宗教活动，直到1948年和世界红字会脱离关系。后来重回棋坛，与日本高手逐一对垒，取得27胜7负3和的佳绩。

　　现时吴清源年过九十，身体仍然健康，经常往来中日做裁判，支持围棋活动。吴同时热衷于宗教的研究项目。

　　吴清源自1939年的“镰仓十番棋”开始独霸擂台，连续15年，将日本所有一流棋士与之对局的交手棋份，不是降为相差一段的先相先，就是降为相差二段的定先。这16年，是他建立辉煌业绩的全盛时代，因此被称为“昭和之棋圣”。

　　1987年，日本“围棋俱乐部”征求六位超一流棋手加藤正夫、武宫正树、林海峰、赵治勋、小林光一、大竹英雄的意见：谁是围棋史上最强者？赵、林、武宫、加藤异口同声地回答说是吴清源。小林和大竹则认为，历代的高手们处在不同的年代，要作比较是很困难的。如果非要问谁最强，大致可以列举三位：道策、秀策、吴清源（前二者均已被称为棋圣）。